Сын  Бориса Федоровича Годунова и Марии Григорьевны Скуратовой-Бельской.

Федор был полный телом, очень сильный, румяный и черноглазый юноша, от природы одаренный умом и способностями. Борис Годунов, сам не имевший почти никакого образования, постарался дать сыну совсем не то воспитание, которое по обычаю получали дети московских государей. Он выписал для сына иностранных учителей и рано приучал юношу к пониманию правительственных дел. Судя по сохранившимся официальным документам, отец ничем не пренебрегал, чтобы укрепить за ним престол, и еще при жизни именовал Федора "великим государем". 14 апреля 1605 года, на другой день после смерти Бориса, Москва присягнула Федору без ропота и волнений. Федор отстранил от командования войсками, воевавшими против наступавшего с Украины самозванца, князя Мстиславского и отправил вместо него Петра Федоровича Басманова. На Басманова возлагались надежды, которых тот не оправдал. 7 мая вместе со всеми войсками новый воевода присягнул Дмитрию, а 1 июня в Красное Село приехали послы от претендента - дворяне Плещеев и Пушкин. Народ, узнав об этом, подхватил гонцов и повез на Красную площадь. Посланцев поставили на Лобном месте, и они при огромном стечении народа прочитали грамоту царевича. Дмитрий извещал в ней о своем спасении, прощал московским людям, что они по незнанию присягали Годуновым, припоминал всякие утеснения и насилия, причиненные народу Борисом, обещал всем льготы и милости и приглашал прислать к нему посольство с челобитьем.

В толпе поднялось сильное смятение. Одни кричали: "Буди здрав, царь Дмитрий Иванович!" Другие говорили: "Да точно ли это Дмитрий Иванович? Может быть, это не настоящий". Наконец раздались голоса: "Шуйского! Шуйского!" Шуйского возвели на Лобное место. Сделалась тишина, и Шуйский громко объявил: "Борис послал убить Дмитрия-царевича, но царевича спасли; вместо него погребен попов сын". Тогда толпа неистово заревела: "Долой Годуновых!" - и без удержу бросилась в Кремль. Защищать Федора было некому. Стрельцы, стоявшие на карауле, отступили без боя. Царь побежал в Грановитую палату и Сел на престол. Царица Мария Григорьевна и царевна Ксения встали подле него с образами. Народ ворвался в палату, стащил Федора с престола, но не причинил ему никакого вреда. На водовозных клячах царицу и ее детей отвезли в прежний Борисов дом и приставили к ним стражу. Тогда же перехватали всех родственников и сторонников Годуновых и ограбили их дома.

10 июня от Дмитрия приехали в Москву князь Василий Голицын и князь Рубец-Мосальский. Они свели с престола патриарха Иова и сослали его в Старицкий Богородицкий монастырь. Не известно, имели ли они какие-то конкретные распоряжения насчет царского семейства. Но в тот же день в дом Годуновых явились со стрельцами дворяне Молчанов и Шерефединов. Узников развели по разным комнатам и умертвили. Вдову Бориса удавили веревкой. Федор пробовал бороться, но его оглушили дубиной и тоже задушили. В живых осталась одна Ксения. Голицын и Мосальский объявили народу, что Мария и Федор отравили себя ядом. Тела их погребли без всяких почестей в Варсонофьевском монастыре. Туда же из Архангельского собора перевезли гроб с телом Бориса. Впоследствии при царе Василии Шуйском тела Бориса и Федора Годуновых перезахоронили еще раз - в Троице-Сергиевском монастыре.