Радикальные реформы породили оппозицию не только в обществе, но и в органе законодательной власти - Верховном Совете, который ранее во всем поддерживал президента. Многие народные депутаты ( в тоим числе и председатель Верховного Совета экономист Р.И. Хасбулатов) выступали за эволюционный путь реформирования экономики и государственного строя, за государственное регулирование рыночных отношений в течение переходного периода. С апреля 1992 г. вплоть до осени 1993 г. конфликт двух ветвей власти - исполнительной и законодательной - приобретал непрерывный характер. Критики президента имели в Верховном Совете большинство голосов, курс радикальных реформ поддерживало менее четверти народных депутатов.
В декабре 1992 г. президент и VII Съезд народных депутатов выступили с прямыми обращениями к гражданам России, в которых обвинили друг друга в нарушении Конституции. Благодаря вмешательству председателя Конституционного суда был достигнут компромисс: президент и съезд обязались разрешить все спорные вопросы исключительно конституционным путем, по основным же принципам новой конституции ( президентская или парламентская республика) решено было провести референдум. Формирование нового правительства (уже без Гайдара) было поручено В.С. Черномырдину (он возглавлял правительство вплоть до весны 1998 года). Но буквально через несколько месяцев конфликт двух ветвей власти обостился вновь. Сохранение в стране власти Советов (от местных низовых до Верховного) стало преподносится Ельциным как главное препятствие для развития демократии и реформ, проводимых правительством.